El proyecto tenía por objeto elaborar una metodología para detectar las dificultades del sector agrícola en el ámbito sanitario y fitosanitario y realizar un análisis de rentabilidad de las diversas opciones de fortalecimiento de la capacidad disponibles para los países en desarrollo. Este marco se aplicó a Perú y Uganda para apoyar la elaboración de sus planes de acción nacionales en materia sanitaria y fitosanitaria.
En la segunda fase del proyecto se puso a prueba la metodología en dos países piloto. En Uganda, se llegó a la conclusión de que la pesca era el sector más prometedor para incrementar las exportaciones. Mientras que, en Perú, se demostró que al mejorar la calidad del espárrago destinado a la exportación se podía obtener un efecto secundario positivo.
Como consecuencia, el Perú elaboró un Plan de Acción Nacional con la participación activa de las partes interesadas del Comité Nacional del Codex y el sector privado. Se organizaron talleres en todo el país y se elaboró un informe sobre las necesidades sanitarias y fitosanitarias prioritarias que había que atender. Se determinaron necesidades de asistencia técnica que se llevarán a cabo en el marco de las actividades de Ayuda para el Comercio, para facilitar el acceso al mercado de determinados productos específicos.
Aparte de la metodología de costos-beneficios, se deben examinar otros métodos, como el análisis de costo-eficacia o el análisis de decisiones con criterios múltiples. Por ejemplo, en el caso del Perú, se recomendó el análisis de costos-beneficios para determinar los productos prioritarios, y no las inversiones prioritarias de creación de capacidad en el ámbito sanitario y fitosanitario.